Katedry
- Centrum asijských studií
- Historický ústav
- Katedra anglistiky a amerikanistiky
- Katedra divadelních studií
- Katedra filozofie
- Katedra informačních studií a knihovnictví
- Psychologický ústav
- Seminář dějin umění
- Seminář estetiky
- Ústav archeologie a muzeologie
- Ústav české literatury
- Ústav českého jazyka
- Ústav evropské etnologie
- Ústav filmu a audiovizuální kultury
- Ústav germanistiky, nordistiky a nederlandistiky
- Ústav hudební vědy
- Ústav jazykovědy a baltistiky
- Ústav klasických studií
- Ústav pedagogických věd
- Ústav pomocných věd historických a archivnictví
- Ústav religionistiky
- Ústav románských jazyků a literatur
- Ústav slavistiky
Jiná pracoviště
Součástí organizační struktury je i zobrazení agend vyčleněných na jednotlivých pracovištích.